Source code:
@Grab(group='org.openscience.cdk', module='cdk-bundle', version='2.9')
import org.openscience.cdk.interfaces.*;
import org.openscience.cdk.io.*;
import org.openscience.cdk.io.iterator.*;
import org.openscience.cdk.silent.*;
import org.openscience.cdk.tools.manipulator.*;
import java.util.zip.GZIPInputStream;
iterator = new IteratingSDFReader(
new GZIPInputStream(
new File("ctr/benzodiazepine.sdf.gz")
.newInputStream()
),
SilentChemObjectBuilder.getInstance()
)
iterator.setReaderMode(
IChemObjectReader.Mode.STRICT
)
while (iterator.hasNext()) {
mol = iterator.next()
heavyAtomCount = 0
for (atom in mol.atoms()) {
if (1 == atom.atomicNumber ||
"H" == atom.symbol) {
// do not count hydrogens
} else {
heavyAtomCount++
}
}
println heavyAtomCount
}
Output:
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