SARS-CoV-2-Queries

virusGenesAll.rq

コード例: curl

SPARQL

SELECT ?virus ?virusLabel ?gene ?geneLabel ?ncbigene WHERE {
  VALUES ?virus {
    wd:Q82069695 # SARS-CoV-2
    wd:Q16983360 # HKU1
    wd:Q16991954 # OC43
    wd:Q8351095  # NL63 
    wd:Q16983356 # 229E
    wd:Q4902157  # MERS-CoV
    wd:Q278567   # SARS-CoV
  }
  ?gene wdt:P703 ?virus ; wdt:P31 wd:Q7187 .
  OPTIONAL { ?gene wdt:P351 ?ncbigene }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
} ORDER BY ?virus ?ncbigene ?gene

実行 もしくは 編集

結果

virus gene ncbigene
ヒトコロナウイルス229E (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (Coronavirus 229E; Human coronavirus (STRAIN 229E); Human coronavirus serogroup 229E; Human coronavirus strain 229E). (edit) 2828637
ヒトコロナウイルス229E (edit) surface glycoprotein (edit) 918758
ヒトコロナウイルス229E (edit) 4a protein (edit) 918759
ヒトコロナウイルス229E (edit) 4b protein (edit) 918760
ヒトコロナウイルス229E (edit) envelope protein (edit) 918761
ヒトコロナウイルス229E (edit) membrane protein (edit) 918762
ヒトコロナウイルス229E (edit) nucleocapsid protein (edit) 918763
ヒトコロナウイルス229E (edit) replicase polyprotein 1a;replicase polyprotein 1ab (edit) 918764
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) nucleocapsid phosphoprotein (edit) 3200423
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) ORF8 (edit) 3200424
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) hemagglutinin-esterase glycoprotein (edit) 3200425
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) spike glycoprotein (edit) 3200426
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) non-structural protein (edit) 3200427
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) membrane glycoprotein (edit) 3200428
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) ORF1a polyprotein;ORF1ab polyprotein (edit) 3200429
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) envelope protein (edit) 3200430
ヒトコロナウイルスHKU1 (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (CoV-HKU1; Human CoV/HKU1). (edit) 3293713
ベータコロナウイルス1 (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (Human coronavirus (strain OC43); Human coronavirus strain OC43). (edit) 2829172
ベータコロナウイルス1 (edit) ns2 (edit) 39105215
ベータコロナウイルス1 (edit) hemagglutinin-esterase (edit) 39105216
ベータコロナウイルス1 (edit) envelope protein (edit) 39105217
ベータコロナウイルス1 (edit) spike surface glycoprotein (edit) 39105218
ベータコロナウイルス1 (edit) ns12.9 (edit) 39105219
ベータコロナウイルス1 (edit) membrane protein (edit) 39105220
ベータコロナウイルス1 (edit) I protein;nucleocapsid protein (edit) 39105221
ベータコロナウイルス1 (edit) ORF1a polyprotein;ORF1ab polyprotein (edit) 39105222
SARS関連コロナウイルス (edit) E2 glycoprotein precursor (edit) 1489668
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars3a (edit) 1489669
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars3b (edit) 1489670
SARS関連コロナウイルス (edit) protein E (edit) 1489671
SARS関連コロナウイルス (edit) matrix protein (edit) 1489672
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars6 (edit) 1489673
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars7a (edit) 1489674
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars7b (edit) 1489675
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars8a (edit) 1489676
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars8b (edit) 1489677
SARS関連コロナウイルス (edit) nucleocapsid protein (edit) 1489678
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars9b (edit) 1489679
SARS関連コロナウイルス (edit) orf1a polyprotein (pp1a);orf1ab polyprotein (pp1ab) (edit) 1489680
SARS関連コロナウイルス (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (Human coronavirus (strain SARS); SARS-like coronavirus; SARS-related coronavirus). (edit) 8673700
MERSコロナウイルス (edit) spike protein (edit) 14254594
MERSコロナウイルス (edit) NS3 protein (edit) 14254595
MERSコロナウイルス (edit) NS4A protein (edit) 14254596
MERSコロナウイルス (edit) NS4B protein (edit) 14254597
MERSコロナウイルス (edit) NS5 protein (edit) 14254598
MERSコロナウイルス (edit) envelope protein (edit) 14254599
MERSコロナウイルス (edit) membrane protein (edit) 14254600
MERSコロナウイルス (edit) nucleocapsid protein (edit) 14254601
MERSコロナウイルス (edit) 1A polyprotein;1AB polyprotein (edit) 14254602
MERSコロナウイルス (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (MERS coronavirus; MERS virus; Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV); Middle East respiratory syndrome coronavirus). (edit) 18938949
MERSコロナウイルス (edit) ORF8b protein (edit) 19910005
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF3d (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (COVID-19 virus; HCoV-19; Human coronavirus 2019; SARS-2; SARS-CoV2; SARS2). (edit) 43562271
SARSコロナウイルス2 (edit) 表面糖タンパク質 (edit) 43740568
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF3a protein-encoding gene (edit) 43740569
SARSコロナウイルス2 (edit) envelope protein (edit) 43740570
SARSコロナウイルス2 (edit) membrane glycoprotein (edit) 43740571
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF6 protein (edit) 43740572
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF7a protein (edit) 43740573
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF7b (edit) 43740574
SARSコロナウイルス2 (edit) nucleocapsid phosphoprotein (edit) 43740575
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF10 protein (edit) 43740576
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF8 protein (edit) 43740577
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF1a polyprotein;ORF1ab polyprotein (edit) 43740578
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) spike protein (edit) 2943499
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) protein 3 (edit) 2943500
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) ORF1a polyprotein;ORF1ab polyprotein (edit) 2943501
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) envelope protein (edit) 2943502
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) membrane protein (edit) 2943503
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) nucleocapsid protein (edit) 2943504
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (Coronavirus NL63; Human coronavirus NL). (edit) 3293659

コード例

curl

curl -s https://raw.githubusercontent.com/egonw/SARS-CoV-2-Queries/master/sparql/virusGenesAll.rq | sed 's+<lang/>+ja+' > virusGenesAll.rq

curl -H "Accept: text/tab-separated-values" -G https://query.wikidata.org/bigdata/namespace/wdq/sparql --data-urlencode query@virusGenesAll.rq

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