SARS-CoV-2-Queries

virusGenesSARSr.rq

コード例: curl

SPARQL

SELECT ?virus ?virusLabel ?gene ?geneLabel ?ncbigene WHERE {
  VALUES ?virus {
    wd:Q16000326 # SL-CoV-WIV1
    wd:Q88162038 # Bat SARS coronavirus Rp1
    wd:Q85939995 # SHC014-CoV
    wd:Q82069695 # SARS-CoV-2
    wd:Q34967815 # SARS coronavirus
    wd:Q85438966 # severe acute respiratory syndrome coronavirus
    wd:Q278567   # SARSr-CoV / SARS-CoV
  }
  ?gene wdt:P703 ?virus ; wdt:P31 wd:Q7187 .
  OPTIONAL { ?gene wdt:P351 ?ncbigene }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
}

実行 もしくは 編集

結果

virus gene ncbigene
SARSコロナウイルス (edit) hypothetical protein sars7a (edit) 1489674
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF3d (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) 表面糖タンパク質 (edit) 43740568
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF1a polyprotein;ORF1ab polyprotein (edit) 43740578
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF3a protein-encoding gene (edit) 43740569
SARSコロナウイルス2 (edit) envelope protein (edit) 43740570
SARSコロナウイルス2 (edit) membrane glycoprotein (edit) 43740571
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF6 protein (edit) 43740572
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF7a protein (edit) 43740573
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF7b (edit) 43740574
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF8 protein (edit) 43740577
SARSコロナウイルス2 (edit) nucleocapsid phosphoprotein (edit) 43740575
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF10 protein (edit) 43740576
SARSコロナウイルス2 (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (COVID-19 virus; HCoV-19; Human coronavirus 2019; SARS-2; SARS-CoV2; SARS2). (edit) 43562271
SARS関連コロナウイルス (edit) protein E (edit) 1489671
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars6 (edit) 1489673
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars9b (edit) 1489679
SARS関連コロナウイルス (edit) Record to support submission of GeneRIFs for a gene not in Gene (Human coronavirus (strain SARS); SARS-like coronavirus; SARS-related coronavirus). (edit) 8673700
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars7a (edit) 1489674
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars7b (edit) 1489675
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars3a (edit) 1489669
SARS関連コロナウイルス (edit) matrix protein (edit) 1489672
SARS関連コロナウイルス (edit) orf1a polyprotein (pp1a);orf1ab polyprotein (pp1ab) (edit) 1489680
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars3b (edit) 1489670
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars8a (edit) 1489676
SARS関連コロナウイルス (edit) E2 glycoprotein precursor (edit) 1489668
SARS関連コロナウイルス (edit) hypothetical protein sars8b (edit) 1489677
SARS関連コロナウイルス (edit) nucleocapsid protein (edit) 1489678

コード例

curl

curl -s https://raw.githubusercontent.com/egonw/SARS-CoV-2-Queries/master/sparql/virusGenesSARSr.rq | sed 's+<lang/>+ja+' > virusGenesSARSr.rq

curl -H "Accept: text/tab-separated-values" -G https://query.wikidata.org/bigdata/namespace/wdq/sparql --data-urlencode query@virusGenesSARSr.rq

本SPARQLクエリはCC0ライセンスで利用可能です。