SARS-CoV-2-Queries

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Virus

Los coronavirus no son nuevos y algunos de ellos son bastante inofensivos. Por ejemplo, los coronavirus humanos HCoV-229E y HCoV-OC43 normalmente dan como resultado un resfriado común [1]. Sin embargo, para los coronavirus relacionados con el síndrome respiratorio agudo graves (coronavirus relacionado con el SARS), esto es diferente. SARS-CoV-2, por supuesto, es el tema principal de este libro [2].

Todos los coronavirus relacionados con el SARS

El virus SARS-CoV-2 no es el primer coronavirus (CoV). De hecho, se conocen bastantes CoV relacionados con el SARS, como se mensiona en esta Lista de taxonomía de NCBI.

Primero enumeramos todos los virus SARSr-CoV en Wikidata:

SPARQL sparql/allSARSCoVViruses.rq (ejecutar, editar)

SELECT ?virus ?virusLabel ?ncbi WHERE {
  ?virus wdt:P171+ wd:Q278567 .
  OPTIONAL { ?virus wdt:P685 ?ncbi }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
}

Esto nos da:

virus ncbi
SL-CoV-WIV1 (edit) 1415852
SARS-CoV-2 (edit) 2697049
SARS-CoV (edit)
SHC014-CoV (edit) 1415851
Bat SARS coronavirus Rp1 (edit) 349342
SARS coronavirus B024 (edit) 305407
RaTG13 (edit) 2709072
Bat SARS CoV Rf1/2004 (edit) 347537
Bat SARS CoV Rm1/2004 (edit) 347536
Bat SARS CoV Rp3/2004 (edit) 349344
501.V2 (edit)
Civet SARS-CoV (edit)
RacCS203 (edit)
Rc-o319 (edit)
BtKY72 (edit)
BM48-31 (edit)

Si comparamos esta lista con la de la Sección 2.2, no es que estas dos listas no se superpongan completamente.

Los siete coronavirus que infectan a los humanos

Sin embargo, para la pandemia actual, los siete coronavirus humanos pueden ser de particular interés [3].

Podemos usar esta consulta para enumerar estos:

SPARQL sparql/humanCoronaviruses.rq (ejecutar, editar)

SELECT ?virus ?virusLabel ?ncbi WHERE {
  VALUES ?virus {
    wd:Q82069695 # SARS-CoV-2
    wd:Q16983360 # HKU1
    wd:Q16991954 # OC43
    wd:Q8351095  # NL63 
    wd:Q16983356 # 229E
    wd:Q4902157  # MERS-CoV
    wd:Q278567   # SARS-CoV
  }
  OPTIONAL { ?virus wdt:P685 ?ncbi }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
}

Esto nos da un buen punto de partida para estudiar el virus con más detalladamente:

virus ncbi
SARS coronavirus (edit) 694009
SARS coronavirus (edit) 227859
MERS-CoV (edit) 1335626
Coronavirus Humana NL63 (edit) 277944
Human coronavirus 229E (edit) 11137
Human coronavirus HKU1 (edit) 290028
Human coronavirus OC43 (edit) 31631
SARS-CoV-2 (edit) 2697049

Todos los betacoronavirus

Pero los coronavirus relacionados con el SARS son solo un subgrupo. Otro subgrupo de coronavirus es el de los betacoronavirus:

SPARQL sparql/allBetacoronaViruses.rq (ejecutar, editar)

SELECT ?virus ?virusLabel ?ncbi WHERE {
  ?virus wdt:P171+ wd:Q16532287 .
  OPTIONAL { ?virus wdt:P685 ?ncbi }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
} ORDER BY ?virusLabel

Debido a que hay bastantes en Wikidata, preferimos hacer un gráfico de dependencia:

SPARQL sparql/allBetacoronaVirusesGraph.rq (ejecutar, editar)

#defaultView:Graph
SELECT ?parent ?parentLabel ?virus ?virusLabel ?ncbi WHERE {
  ?virus wdt:P171+ wd:Q16532287 .
  ?virus wdt:P171 ?parent .
  OPTIONAL { ?virus wdt:P685 ?ncbi }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
}

Esto da la siguiente salida:

Todos los coronavirus

La lista completa de coronavirus se ve así:

SPARQL sparql/allCoronaViruses.rq (ejecutar, editar)

SELECT ?virus ?virusLabel ?ncbi WHERE {
  ?virus wdt:P171+ wd:Q57751738 .
  OPTIONAL { ?virus wdt:P685 ?ncbi }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
} ORDER BY ASC(?virus)

Nuevamente, preferimos hacer un gráfico de dependencia de gráficos:

SPARQL sparql/allCoronaVirusesGraph.rq (ejecutar, editar)

#defaultView:Graph
SELECT ?parent ?parentLabel ?virus ?virusLabel ?ncbi WHERE {
  ?virus wdt:P171+ wd:Q57751738 .
  ?virus wdt:P171 ?parent .
  OPTIONAL { ?virus wdt:P685 ?ncbi }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
} ORDER BY ASC(?parent) ASC(?virus)

Esto da la siguiente salida:

Comparación de virus

También podemos consultar artículos que comparen un coronavirus humano con otro coronavirus:

SPARQL sparql/compareViruses.rq (ejecutar, editar)

SELECT DISTINCT ?virus ?virusLabel ?work ?workLabel WITH {
  SELECT DISTINCT ?virus ?virus2 ?work WHERE {
    VALUES ?virus {
      wd:Q82069695 # SARS-CoV-2
      wd:Q16983360 # HKU1
      wd:Q16991954 # OC43
      wd:Q8351095  # NL63 
      wd:Q16983356 # 229E 
      wd:Q4902157  # MERS-CoV
      wd:Q278567   # SARS-CoV
    }
    ?virus2 wdt:P171+ wd:Q57751738 .
    ?work wdt:P921 ?virus, ?virus2 .
    FILTER ( ?virus != ?virus2 )
  }
} AS %ARTICLES WHERE {
  INCLUDE %ARTICLES
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
}
ORDER BY ?virusLabel ?virus ?workLabel ?work

ID de taxonomía de NCBI

Para los coronavirus podemos enumerar los identificadores NCBI Taxonomy [4] con:

SPARQL sparql/allSARSCoVVirusesTaxonomy.rq (ejecutar, editar)

SELECT ?virus ?virusLabel ?ncbi WHERE {
  ?virus wdt:P171+ wd:Q278567 .
  OPTIONAL { ?virus wdt:P685 ?ncbi }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "es,en". }
}

Esto nos da:

virus ncbi
SL-CoV-WIV1 (edit) 1415852
SARS-CoV-2 (edit) 2697049
SARS-CoV (edit)
SHC014-CoV (edit) 1415851
Bat SARS coronavirus Rp1 (edit) 349342
SARS coronavirus B024 (edit) 305407
RaTG13 (edit) 2709072
Bat SARS CoV Rf1/2004 (edit) 347537
Bat SARS CoV Rm1/2004 (edit) 347536
Bat SARS CoV Rp3/2004 (edit) 349344
501.V2 (edit)
Civet SARS-CoV (edit)
RacCS203 (edit)
Rc-o319 (edit)
BtKY72 (edit)
BM48-31 (edit)

Referencias

  1. Pyrc K, Berkhout B, van der Hoek L. The novel human coronaviruses NL63 and HKU1. J Virol. 2006 Nov 1;81(7):3051–7. doi:10.1128/JVI.01466-06 (Scholia)
  2. Gorbalenya AE, of the International Committee on Taxonomy of Viruses CSG, Baker SC, Drosten C, Haagmans BL, Neuman BW, et al. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology. 2020 Mar 2;5(4):536–44. doi:10.1038/S41564-020-0695-Z (Scholia)
  3. Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. NEJM [Internet]. 2020 Feb 20;382(8):727–33. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7092803/ doi:10.1056/NEJMOA2001017 (Scholia)
  4. Federhen S. The NCBI Taxonomy database. NAR. 2012 Jan;40(Database issue):D136-43. doi:10.1093/NAR/GKR1178 (Scholia)