SARS-CoV-2-Queries

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ヒト

遺伝子とタンパク質の相互作用

CoV粒子の働きによる生体内の作用を理解するためには、どのヒト遺伝子およびタンパク質が関わっているのかを知る必要があります。これは次の節のためですが、まずはどの文献で述べられているのかここで調べましょう(アノテーションは依然として限られています)。

SPARQL sparql/humanInteractionCounts.rq (実行, 編集)

SELECT ?virus ?virusLabel ?gene ?geneLabel ?count WITH {
  SELECT ?virus ?gene (COUNT(DISTINCT ?work) AS ?count) WHERE {
    ?virus wdt:P171+ wd:Q57751738 .
    ?work wdt:P921 ?virus, ?gene .
    ?gene wdt:P703 wd:Q15978631 .
    { ?gene wdt:P31 wd:Q7187 } UNION { ?gene wdt:P31 wd:Q8054 }
  } GROUP BY ?virus ?gene
} AS %ARTICLES WHERE {
  INCLUDE %ARTICLES
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
}
ORDER BY DESC(?count) ?virus ?gene

このクエリにより、これらの文献が得られます。

virus gene count
SARSコロナウイルス2 (edit) Angiotensin I converting enzyme 2 (edit) 19
SARSコロナウイルス2 (edit) II型膜貫通型セリンプロテアーゼ (edit) 7
SARSコロナウイルス (edit) Angiotensin I converting enzyme 2 (edit) 5
SARSコロナウイルス (edit) II型膜貫通型セリンプロテアーゼ (edit) 3
ベータコロナウイルス属 (edit) Angiotensin I converting enzyme 2 (edit) 2
SARS関連コロナウイルス (edit) Angiotensin I converting enzyme 2 (edit) 2
MERSコロナウイルス (edit) DPP-4 (edit) 2
SARSコロナウイルス2 (edit) アンジオテンシン変換酵素2 (edit) 2
SARSコロナウイルス2 (edit) TMPRSS2 (edit) 2
SARSコロナウイルス2 (edit) フーリン (edit) 2
ヒトコロナウイルス229E (edit) TMPRSS2 (edit) 1
ヒトコロナウイルス229E (edit) II型膜貫通型セリンプロテアーゼ (edit) 1
ヒトコロナウイルス229E (edit) Peptidylprolyl isomerase A (edit) 1
ヒトコロナウイルス229E (edit) アラニンアミノペプチダーゼ (edit) 1
ヒトコロナウイルス229E (edit) Angiotensin I converting enzyme 2 (edit) 1
SARS関連コロナウイルス (edit) MASP2 (edit) 1
SARS関連コロナウイルス (edit) 腫瘍壊死因子α (edit) 1
SARS関連コロナウイルス (edit) Interferon induced transmembrane protein 3 (edit) 1
SARS関連コロナウイルス (edit) Interferon induced transmembrane protein 2 (edit) 1
SARS関連コロナウイルス (edit) Interferon induced transmembrane protein 1 (edit) 1
MERSコロナウイルス (edit) II型膜貫通型セリンプロテアーゼ (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) インターロイキン-6 (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) フーリン (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) MX1 (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) PIKFYVE (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) Transmembrane serine protease 4 (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) Translocase of outer mitochondrial membrane 70 (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) ヴォン・ヴィレブランド因子 (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 13 (edit) 1
SARSコロナウイルス2 (edit) Heme oxygenase 1 (edit) 1
ヒトコロナウイルスNL63 (edit) Angiotensin I converting enzyme 2 (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) MASP2 (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) 腫瘍壊死因子α (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) C-type lectin domain family 4 member G (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) C-type lectin domain family 4 member M (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) Interferon induced transmembrane protein 3 (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) Interferon induced transmembrane protein 2 (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) Interferon induced transmembrane protein 1 (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) BCL2 like 1 (edit) 1
SARSコロナウイルス (edit) Bcl-2結合Xタンパク質 (edit) 1

特定の論文群(増え続けるリスト)を見たい場合は、このクエリを試しましょう。

SPARQL sparql/humanInteractions.rq (実行, 編集)

SELECT ?date ?virus ?virusLabel ?gene ?geneLabel ?work ?workLabel ?doi WITH {
  SELECT (MAX(?dates) as ?date) ?virus ?gene ?work WHERE {
    ?virus wdt:P171+ wd:Q57751738 .
    ?work wdt:P921 ?virus, ?gene .  
    OPTIONAL { ?work wdt:P577 ?dates . }
    ?gene wdt:P703 wd:Q15978631 .   
    { ?gene wdt:P31 wd:Q7187 } UNION { ?gene wdt:P31 wd:Q8054 }
  } GROUP BY ?virus ?gene ?work
} AS %ARTICLES WHERE {
  INCLUDE %ARTICLES
  OPTIONAL { ?work wdt:P356 ?doi . }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
}
ORDER BY DESC(?date) ?doi ?virus ?gene

生体内の作用

WikiPathways [1]は、国際的な#covidpathways COVID-19 curation effortに参加するプロジェクトです。当該プロジェクトに加わる人々はこのポータルサイトで確認できます。

Reactome [2]とWikiPathwaysのパスウェイはWikidataに索引付されており、HCoV遺伝子およびタンパク質が関わるパスウェイを取得できます。

SPARQL sparql/pathways.rq (実行, 編集)

SELECT ?virus ?virusLabel ?thing ?thingLabel ?pathway ?pathwayLabel WHERE {
  VALUES ?virus {
    wd:Q82069695 # SARS-CoV-2
    wd:Q16983360 # HKU1
    wd:Q16991954 # OC43
    wd:Q8351095  # NL63 
    wd:Q16983356 # 229E
    wd:Q4902157  # MERS-CoV
    wd:Q278567   # SARS-CoV
  }
  ?thing wdt:P703 ?virus .
  ?pathway wdt:P31 wd:Q4915012 ; wdt:P527 ?thing .
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
} ORDER BY ASC(?virus) ASC(?thing) ASC(?pathway)

現在、次のパスウェイが得られますが、活発なキュレーション活動により、次々に増えていくと期待できます。

virus thing pathway
SARS関連コロナウイルス (edit) Protein 3a [SARS-Cov] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - apoptosis (edit)
SARS関連コロナウイルス (edit) Protein 3a [SARS-Cov] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - MAPK signaling (edit)
SARS関連コロナウイルス (edit) Protein 3a [SARS-Cov] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - Interferon induction (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF9c protein [SARS CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) S1 Subunit of Spike Protein (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) S1 Subunit of Spike Protein (edit) SARS-CoV-2 Innate Immunity Evasion and Cell-specific immune response (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) S1 Subunit of Spike Protein (edit) SARS-CoV-2 altering angiogenesis via NRP1 (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) S2 Subunit of Spike Protein (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) S2 Subunit of Spike Protein (edit) SARS-CoV-2 altering angiogenesis via NRP1 (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) S2 Subunit of Spike Protein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 10 [SARS CoV-2] (edit) A draft map of SARS-COV-2 signaling pathway map (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 10 [SARS CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 10 [SARS CoV-2] (edit) Pathogenesis of SARS-CoV-2 Mediated by nsp9-nsp10 Complex (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) non-structural protein 15 [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) non-structural protein 15 [SARS-CoV-2] (edit) Endoplasmic reticulum stress response in Coronavirus infection (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Papain-like proteinase [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Papain-like proteinase [SARS-CoV-2] (edit) Type I Interferon Induction and Signaling During SARS-CoV-2 Infection (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Papain-like proteinase [SARS-CoV-2] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - Interferon induction (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) non-structural protein 5 [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) nucleocapsid protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) nucleocapsid protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 Innate Immunity Evasion and Cell-specific immune response (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) nucleocapsid protein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) nucleocapsid protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) spike glycoprotein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) spike glycoprotein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 altering angiogenesis via NRP1 (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) spike glycoprotein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) spike glycoprotein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) spike glycoprotein [SARS-CoV-2] (edit) Downregulation of ACE2 expression by SARS-CoV infection and SARS-CoV Spike protein (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) orf1ab polyprotein [SARS-Cov 2] (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) orf1ab polyprotein [SARS-Cov 2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Viroporin 3a [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 Innate Immunity Evasion and Cell-specific immune response (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Viroporin 3a [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) envelope protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) envelope protein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) envelope protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) membrane protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) membrane protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 Innate Immunity Evasion and Cell-specific immune response (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) membrane protein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) membrane protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) non-structural protein 6 [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF1a polyprotein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Protein 7a [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF8 protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 2 [SARS CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF6 protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF10 protein [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) ORF10 protein [SARS-CoV-2] (edit) Hijack of Ubiquitination by SARS-CoV-2 (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Protein ORF9b [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 mitochondrial interactions (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Protein ORF9b [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 Innate Immunity Evasion and Cell-specific immune response (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 9 [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 9 [SARS-CoV-2] (edit) Pathogenesis of SARS-CoV-2 Mediated by nsp9-nsp10 Complex (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 NSP9 complex (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 Spike - human ACE2 receptor complex (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 Spike - human ACE2-SLC6A19 complex (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 Spike protein complex (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 Spike protein complex (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 main protease complex (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 NSP10-NSP16 2'-O-methyltransferase complex (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) SARS-CoV-2 NSP3-NSP4-NSP6 complex (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Host translation inhibitor nsp1 [SARS-CoV-2] (edit) nsp1 from SARS-CoV-2 inhibits translation initiation in the host cell (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Host translation inhibitor nsp1 [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 4 [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Non-structural protein 7 [SARS-CoV-2] (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
SARSコロナウイルス2 (edit) Uncharacterized protein 14 (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)

参考文献

  1. Slenter DN, Kutmon M, Hanspers K, Hanspers K, Riutta A, Windsor J, et al. WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research. NAR. 2018 Jan 4;46(D1):D661–7. doi:10.1093/NAR/GKX1064 (Scholia)
  2. Croft D, Mundo AF, Haw R, Milacic M, Weiser J, Wu G, et al. The Reactome pathway knowledgebase. NAR. 2014 Jan;42(Database issue):D472-7. doi:10.1093/NAR/GKT1102 (Scholia)