SARS-CoV-2-Queries

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O ser humano

Genes e proteínas que interagem

Compreender os processos biológicos pelos quais o SARS-CoV-2 funciona requer saber quais genes e proteínas humanos estão envolvidos. Isso é para a próxima seção podemos primeiro querer saber o que a literatura diz aqui (a anotação ainda é limitada):

SPARQL sparql/humanInteractionCounts.rq (run, edit)

SELECT ?virus ?virusLabel ?gene ?geneLabel ?count WITH {
  SELECT ?virus ?gene (COUNT(DISTINCT ?work) AS ?count) WHERE {
    ?virus wdt:P171+ wd:Q57751738 .
    ?work wdt:P921 ?virus, ?gene .
    ?gene wdt:P703 wd:Q15978631 .
    { ?gene wdt:P31 wd:Q7187 } UNION { ?gene wdt:P31 wd:Q8054 }
  } GROUP BY ?virus ?gene
} AS %ARTICLES WHERE {
  INCLUDE %ARTICLES
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "pt,en". }
}
ORDER BY DESC(?count) ?virus ?gene

Isso nos dá esse número de documentos:

virus gene count
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Enzima conversora da angiotensina 2 (edit) 19
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Transmembrane serine protease 2 (edit) 7
SARS-CoV (edit) Enzima conversora da angiotensina 2 (edit) 5
SARS-CoV (edit) Transmembrane serine protease 2 (edit) 3
Betacoronavirus (edit) Enzima conversora da angiotensina 2 (edit) 2
SARS-CoV (edit) Enzima conversora da angiotensina 2 (edit) 2
Síndrome respiratória por coronavírus do Oriente Médio (edit) Dipeptidyl peptidase 4 (edit) 2
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ACE2 (edit) 2
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) TMPRSS2 (edit) 2
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Furin, paired basic amino acid cleaving enzyme (edit) 2
Coronavírus humano 229E (edit) TMPRSS2 (edit) 1
Coronavírus humano 229E (edit) Transmembrane serine protease 2 (edit) 1
Coronavírus humano 229E (edit) Peptidylprolyl isomerase A (edit) 1
Coronavírus humano 229E (edit) Alanyl aminopeptidase, membrane (edit) 1
Coronavírus humano 229E (edit) Enzima conversora da angiotensina 2 (edit) 1
SARS-CoV (edit) MASP2 (edit) 1
SARS-CoV (edit) fator de necrose tumoral (edit) 1
SARS-CoV (edit) Interferon induced transmembrane protein 3 (edit) 1
SARS-CoV (edit) Interferon induced transmembrane protein 2 (edit) 1
SARS-CoV (edit) Interferon induced transmembrane protein 1 (edit) 1
Síndrome respiratória por coronavírus do Oriente Médio (edit) Transmembrane serine protease 2 (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) IL6 (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) FURIN (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) MX1 (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) PIKFYVE (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Transmembrane serine protease 4 (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Translocase of outer mitochondrial membrane 70 (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Fator de Von Willebrand (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 13 (edit) 1
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) HMOX1 (edit) 1
Coronavírus humano NL63 (edit) Enzima conversora da angiotensina 2 (edit) 1
SARS-CoV (edit) MASP2 (edit) 1
SARS-CoV (edit) fator de necrose tumoral (edit) 1
SARS-CoV (edit) C-type lectin domain family 4 member G (edit) 1
SARS-CoV (edit) C-type lectin domain family 4 member M (edit) 1
SARS-CoV (edit) Interferon induced transmembrane protein 3 (edit) 1
SARS-CoV (edit) Interferon induced transmembrane protein 2 (edit) 1
SARS-CoV (edit) Interferon induced transmembrane protein 1 (edit) 1
SARS-CoV (edit) BCL2 like 1 (edit) 1
SARS-CoV (edit) Proteína X associada a BCL-2 (edit) 1

Se você quiser ver os documentos específicos (uma lista crescente), use esta consulta:

SPARQL sparql/humanInteractions.rq (run, edit)

SELECT ?date ?virus ?virusLabel ?gene ?geneLabel ?work ?workLabel ?doi WITH {
  SELECT (MAX(?dates) as ?date) ?virus ?gene ?work WHERE {
    ?virus wdt:P171+ wd:Q57751738 .
    ?work wdt:P921 ?virus, ?gene .  
    OPTIONAL { ?work wdt:P577 ?dates . }
    ?gene wdt:P703 wd:Q15978631 .   
    { ?gene wdt:P31 wd:Q7187 } UNION { ?gene wdt:P31 wd:Q8054 }
  } GROUP BY ?virus ?gene ?work
} AS %ARTICLES WHERE {
  INCLUDE %ARTICLES
  OPTIONAL { ?work wdt:P356 ?doi . }
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "pt,en". }
}
ORDER BY DESC(?date) ?doi ?virus ?gene

Processos biológicos

WikiPathways [1] é um dos projetos envolvidos no esforço internacional de curadoria dos #covidpathways COVID-19 e as contribuições de WikiPathways podem ser encontradas neste portal.

As vias moleculares do Reactome [2] e do WikiPathways estão indexadas no Wikidata e podemos consultar as que apresentam genes e proteínas de coronavírus humanos:

SPARQL sparql/pathways.rq (run, edit)

SELECT ?virus ?virusLabel ?thing ?thingLabel ?pathway ?pathwayLabel WHERE {
  VALUES ?virus {
    wd:Q82069695 # SARS-CoV-2
    wd:Q16983360 # HKU1
    wd:Q16991954 # OC43
    wd:Q8351095  # NL63 
    wd:Q16983356 # 229E
    wd:Q4902157  # MERS-CoV
    wd:Q278567   # SARS-CoV
  }
  ?thing wdt:P703 ?virus .
  ?pathway wdt:P31 wd:Q4915012 ; wdt:P527 ?thing .
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "pt,en". }
} ORDER BY ASC(?virus) ASC(?thing) ASC(?pathway)

Atualmente, essa busca enumera as seguintes vias (mas espera-se que com a curadoria ativa, esse número cresça rapidamente):

virus thing pathway
SARS-CoV (edit) Protein 3a [SARS-Cov] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - apoptosis (edit)
SARS-CoV (edit) Protein 3a [SARS-Cov] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - MAPK signaling (edit)
SARS-CoV (edit) Protein 3a [SARS-Cov] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - Interferon induction (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Non-structural protein 10 [SARS CoV-2] (edit) A draft map of SARS-COV-2 signaling pathway map (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Non-structural protein 10 [SARS CoV-2] (edit) Pathogenesis of SARS-CoV-2 Mediated by nsp9-nsp10 Complex (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) non-structural protein 15 [SARS-CoV-2] (edit) Endoplasmic reticulum stress response in Coronavirus infection (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Papain-like proteinase [SARS-CoV-2] (edit) Type I Interferon Induction and Signaling During SARS-CoV-2 Infection (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Papain-like proteinase [SARS-CoV-2] (edit) Host-pathogen interaction of human corona viruses - Interferon induction (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) nucleocapsid protein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) spike glycoprotein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) surface glycoprotein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF1a polyprotein;ORF1ab polyprotein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF3a protein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) envelope protein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) membrane glycoprotein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF6 protein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF7a protein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF7b (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF8 protein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) nucleocapsid phosphoprotein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF10 protein (edit) SARS-CoV-2 and COVID-19 Pathway (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) envelope protein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) membrane protein [SARS-CoV-2] (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) ORF10 protein [SARS-CoV-2] (edit) Hijack of Ubiquitination by SARS-CoV-2 (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Non-structural protein 9 [SARS-CoV-2] (edit) Pathogenesis of SARS-CoV-2 Mediated by nsp9-nsp10 Complex (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) SARS-CoV-2 Spike protein complex (edit) Linoleic acid metabolism known to be affected by coronavirus infection (edit)
coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (edit) Host translation inhibitor nsp1 [SARS-CoV-2] (edit) nsp1 from SARS-CoV-2 inhibits translation initiation in the host cell (edit)

Referências

  1. Slenter DN, Kutmon M, Hanspers K, Hanspers K, Riutta A, Windsor J, et al. WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research. NAR. 2018 Jan 4;46(D1):D661–7. doi:10.1093/NAR/GKX1064 (Scholia)
  2. Croft D, Mundo AF, Haw R, Milacic M, Weiser J, Wu G, et al. The Reactome pathway knowledgebase. NAR. 2014 Jan;42(Database issue):D472-7. doi:10.1093/NAR/GKT1102 (Scholia)