SARS-CoV-2-Queries

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解決に向けて

SARS-CoV-2の問題に対して現状では解決方法がありません。

しかし、解決方法になりうるアイデアは幾つかあります。ワクチンがその一つですが、その開発には時間を要します[1]。 また、抗体や、SARS-CoV-2にも有効である既存の薬、つまり既存薬再開発についての議論もされていますが、現在これらは全て研究段階です。 そして、臨床試験は重要です(臨床試験を参照)。

本章では、解決に繋がりそうな提案に関する、Wikidataに収められている情報を取得するクエリを幾つか提示します。

抗体

抗体は関心を集めつつあります。次のクエリ集はヒトコロナウイルスについての文献で、抗体という注釈がつけられているものを取得します。

SPARQL sparql/antibodies.rq (実行, 編集)

SELECT ?virus ?virusLabel ?work ?workLabel WITH {
  SELECT ?virus ?work WHERE {
    VALUES ?virus {
      wd:Q82069695 # SARS-CoV-2
      wd:Q16983360 # HKU1
      wd:Q16991954 # OC43
      wd:Q8351095  # NL63 
      wd:Q16983356 # 229E 
      wd:Q4902157  # MERS-CoV
      wd:Q278567   # SARS-CoV
    }
    ?work wdt:P921 ?virus ;
          wdt:P921 wd:Q79460 .
  }
} AS %ARTICLES WHERE {
  INCLUDE %ARTICLES
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
}
ORDER BY ?virusLabel ?virus ?workLabel ?work

このクエリの結果は長くなるので、それぞれのウイルスに対する抗体についての論文数を見てみましょう。

virus count
SARS関連コロナウイルス (edit) 48
MERSコロナウイルス (edit) 16
SARSコロナウイルス2 (edit) 13
ヒトコロナウイルス229E (edit) 2
ベータコロナウイルス1 (edit) 1

なお、抗体は個々のタンパク質に特化しているものであり、そして全てのコロナウイルスは異なるタンパク質を持ちます。 ですから、このクエリ集は単に読むべき関連論文を取得するためのショートカットであり、決してそこから結論を導き出すものではないことを強調しておきます。

virus work
MERSコロナウイルス (edit) A conformation-dependent neutralizing monoclonal antibody specifically targeting receptor-binding domain in Middle East respiratory syndrome coronavirus spike protein. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) A humanized neutralizing antibody against MERS-CoV targeting the receptor-binding domain of the spike protein. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) A safe and convenient pseudovirus-based inhibition assay to detect neutralizing antibodies and screen for viral entry inhibitors against the novel human coronavirus MERS-CoV (edit)
MERSコロナウイルス (edit) A truncated receptor-binding domain of MERS-CoV spike protein potently inhibits MERS-CoV infection and induces strong neutralizing antibody responses: implication for developing therapeutics and vaccines (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Exceptionally potent neutralization of Middle East respiratory syndrome coronavirus by human monoclonal antibodies. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Investigation of anti-middle East respiratory syndrome antibodies in blood donors and slaughterhouse workers in Jeddah and Makkah, Saudi Arabia, fall 2012. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) RNA and neutralising antibodies in milk collected according to local customs from dromedary camels, Qatar, April 2014. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Middle East respiratory syndrome coronavirus antibody reactors among camels in Dubai, United Arab Emirates, in 2005. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Middle East respiratory syndrome coronavirus neutralising serum antibodies in dromedary camels: a comparative serological study. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Middle East respiratory syndrome coronavirus spike protein delivered by modified vaccinia virus Ankara efficiently induces virus-neutralizing antibodies. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Passive Transfer of A Germline-like Neutralizing Human Monoclonal Antibody Protects Transgenic Mice Against Lethal Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Infection. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Potent neutralization of MERS-CoV by human neutralizing monoclonal antibodies to the viral spike glycoprotein. (edit)
MERSコロナウイルス (edit) Pre- and postexposure efficacy of fully human antibodies against Spike protein in a novel humanized mouse model of MERS-CoV infection (edit)
This table is truncated. See the full table at sparql/antibodies.rq

ワクチン

いつかは、SARS-CoV-2から我々を守ってくれるワクチンが得られるかもしれません。 現時点で幾つかの候補が研究されています[2]。 それらのうち、Wikidataに収められているものを以下のクエリで取得できます。

SPARQL sparql/vaccines.rq (実行, 編集)

SELECT DISTINCT ?vaccine ?vaccineLabel ?type ?typeLabel WHERE {
  VALUES ?for { wd:Q84263196 }
  ?vaccine wdt:P31 / wdt:P279? wd:Q134808 ;
           wdt:P1924 ?for .
  ?vaccine wdt:P31 ?type .
  FILTER ( ?type != wd:Q28051899 ) FILTER ( ?type != wd:Q98734151 )
  FILTER ( ?type != wd:Q87719492 ) FILTER ( ?type != wd:Q30612 )
  FILTER ( ?type != wd:Q134808 )
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
} ORDER BY ASC(?vaccine) ASC(?type)

現状ではそれほど多くありません。

vaccine type
Sanofi/GSK SARS-CoV-2 subunit vaccine (edit) protein subunit vaccine (edit)
UB-612 (edit) protein subunit vaccine (edit)
RBD SARS-CoV-2 HBsAg VLP (edit) virus-like particle vaccine (edit)
bacTRL-Spike (edit) DNAワクチン (edit)
hAd5-S-Fusion+N-ETSD (edit) アデノウイルスに基づくワクチン (edit)
VXA-CoV2-1 (edit) アデノウイルスに基づくワクチン (edit)
MVC-COV1901 (edit) protein subunit vaccine (edit)
FINLAY-FR-2 (edit) conjugate vaccine (edit)
MRNA-1273 (edit) RNAワクチン (edit)
AZD1222 (edit) アデノウイルスに基づくワクチン (edit)
Ad5-nCoV (edit) アデノウイルスに基づくワクチン (edit)
INO-4800 (edit) DNAワクチン (edit)
ZyCoV-D (edit) DNAワクチン (edit)
This table is truncated. See the full table at sparql/vaccines.rq

既存薬再開発

8.3章で既に臨床試験の概要を取得しました。 そこでは、どのような症状に人は心配するのかについて知見を得られました。 また、どのような既存薬再開発のために研究されているのか知ることができました。 大きな注目を浴びる薬もあれば、それほどでもないものもあります。これらは以下のような感じです。

次のクエリにより、介入による臨床試験の事例一覧が得られます。

SPARQL sparql/clinicalTrialsByIntervention.rq (実行, 編集)

SELECT ?intervention ?interventionLabel (COUNT(?trial) AS ?trials) WHERE {
  VALUES ?topic {
    wd:Q84263196 wd:Q82069695
  }
  ?trial wdt:P31 wd:Q30612 ;
         wdt:P921  ?topic ;
         wdt:P4844 ?intervention .
  SERVICE wikibase:label { bd:serviceParam wikibase:language "ja,en". }
} GROUP BY ?intervention ?interventionLabel
  ORDER BY DESC(?trials) ASC(?intervention)

結果は以下のとおりです。

intervention trials
ヒドロキシクロロキン (edit) 43
クロロキン (edit) 15
ロピナビル (edit) 15
リトナビル (edit) 15
Chloroquine diphosphate bearing dextran nanoparticles augmented drug delivery and overwhelmed drug resistance in Plasmodium falciparum parasites (edit) 12
新型コロナウイルス感染症 (edit) 11
トシリズマブ (edit) 6
インターフェロン (edit) 4
一酸化窒素 (edit) 4
antiviral agent (edit) 4
ロサルタン (edit) 4
パラセタモール (edit) 4
プレドニゾロン (edit) 3
This table is truncated. See the full table at sparql/clinicalTrialsByIntervention.rq

重要なことは、どのような介入がより多くの注目を集めているかを把握できるに過ぎない、ということです。 そして、注目度が成功度を測る指標ではないと認識することが肝要です。

参考文献

  1. Lu S, Lu S. Timely development of vaccines against SARS-CoV-2. Emerging microbes & infections. 2020 Mar 8;9(1):542–4. doi:10.1080/22221751.2020.1737580 (Scholia)
  2. Le TT, Andreadakis Z, Kumar A, Román RG, Tollefsen S, Saville M, et al. The COVID-19 vaccine development landscape. Nat Rev Drug Discov. 2020 Apr 9; doi:10.1038/D41573-020-00073-5 (Scholia)